Столетие назад сила могущественного существа, известного как Хупа, способного в одиночку победить легендарного покемона, была заключена в бутылку одиноким путешественником. Затем бутылку спрятали глубоко в пещере в пустыне в надежде, что заключенная в ней тьма никогда больше не увидит дневного света.Годы спустя молодой человек находит бутылку и разрушает окружающие ее проклятия, высвобождая заключенную в ней силу. Его содержимое принимает форму тени Хупы, и оно использует свою неограниченную силу, чтобы разбить бутылку и помешать кому-либо захватить ее снова. Затем тень приходит в неистовство и нападает на оригинального Хупу, в то время как оба покемона призывают других легендарных существ, чтобы те помогли им в их схватке. Сатоши — начинающий тренер покемонов из региона Канто — и его друзья попали под перекрестный огонь и теперь должны либо остановить свирепствующих покемонов, либо столкнуться с разрушительным столкновением легенд.
Знакомых по предыдущим легендарных покемонов