Действие Муши-уты происходит в недалеком будущем. За десять лет до начала истории начали появляться странные насекомоподобные существа, известные как "Муши". Муши способны проникать в мечты и мысли людей, получая взамен сверхъестественные способности. В конце первого эпизода главный герой Дайсуке "Какко" Кусурия встречает молодую девушку по имени Шиика Анмото. Со временем они становятся очень близки. Однако, Какко не знает, что Шиика сбежала из секретной тюрьмы, известной как ГАРДЕН, где содержатся те, кем владеют Муши, известные как Мушицуки. Вооруженные силы ГАРДЕНА, Специальное управление по охране окружающей среды, отправляют своего лучшего убийцу выследить Шиику. Однако они сталкиваются с сопротивлением со стороны организации сопротивления Мушибане, возглавляемой скрытной "Божьей коровкой".

Пусть уже обанкротятся.