@Norvarm, манга не фанфик, ибо авторами выступают те же, кто и работал над аниме. Поэтому призрачная арка - канон. Хомура именно что перезаписала мир, потому что её способности отматывать время в прошлое больше нет. После перезаписи мира Мадокой, та одарила Акеми новой абилкой - манипуляция воспоминаниями. Поэтому Акеми именно что сделала полный ребилд Мадоки.

Насчёт того, что произошло с Годокой, пока инфы нет. Но скорее всего она просто бездействует, ибо без своей человеческой части закон просто перестал работать. В манге оставили жёсткий задел на будущее связанный с божественной частью, ибо в щите Хомуры спрятана ведьминская часть Мадоки, которая ещё сыграет свою роль.

Я вам правда очень советую прочитать Призрачную арку, ибо многие вопросы, которыми вы сейчас озадачены, были изначально и у меня. Вы можете это всё лицезреть в сраче выше. Эта манга официально канон, и она делает хороший мостик между сериалом и фильмом, благодаря которому пазл отлично складывается в единую картину.