Жила-была в одной маленькой японской деревушке девочка десяти лет по имени Микан Сакура. Но однажды её лучшая подруга Хотару перевелась в другую школу, в Токио — загадочную и окружённую миллионом легенд Академию Алис. В отличие от Гарри Поттера, Микан не получала письма с приглашением в школу, но, отправившуюся навестить свою подругу, её «чудом» принимают в эту академию. Оказывается, там могут учиться только дети со сверхъестественными способностями. Здесь и узнаёт Микан, что она не просто девочка, а гений «Алис».