В "нейтральной" космической колонии Гелиополис находится Моргенроте, сверхсекретный оружейный исследовательский центр, специализирующийся на производстве линкора "Архангел" и пяти опытных образцов "Гандамов" для сил Земного альянса. Армия повстанцев ЗАФТ, состоящая из генетически модифицированных людей, известных как Координаторы, нападает на Гелиополис и похищает четыре из пяти прототипов. Гражданская Кира Ямато, координатор, воспитанная обычными родителями, во время нападения натыкается на "Гандам Страйк". Он пилотирует мобильный скафандр для сил Земного альянса, чтобы защитить своих родных и близких, и оказывается втянутым в смертельную схватку со своим лучшим другом детства, координатором Атруном Зала, который теперь является опытным пилотом ZAFT. На карту поставлена не только их дружба, от исхода этой войны зависит выживание целой расы.
