За тысячи лет до событий "Небес Аркадии" шесть цивилизаций сосуществовали на плавучих континентах в титульном небе Аркадии, мире без видимой поверхности, вокруг которого вращаются шесть лун разного цвета. Цивилизации, по одной из которых существовало на каждой Луне, развились технологически до такой степени, что каждая из них создала Гигас, колоссальное живое оружие массового уничтожения, а также Лунные кристаллы, которые можно было использовать для управления ими. Используя Гигас, цивилизации воевали друг с другом, что нанесло огромный ущерб окружающей среде и угрожало исчезновением всем шести цивилизациям. Самая развитая из цивилизаций, Серебряная цивилизация, использовала свои Гиганты для вызова Разрушительных дождей, которые срывали метеориты с вращающихся вокруг них спутников и обрушивали их на поверхность планеты. Катастрофические разрушения остановили буйство Гигасов, а также почти уничтожили пять других цивилизаций, положив конец войне. На Серебряные Гигасы была наложена печать, чтобы предотвратить повторное использование Дождей, а Лунные кристаллы были спрятаны.В настоящее время воинственная и тираническая империя Валуан, возглавляемая императрицей Теодорой, ищет Лунные кристаллы, чтобы пробудить Гигасов и захватить власть над миром. Воля Валуа исполняется с помощью Валуанской армады - флота закованных в железо военных кораблей, возглавляемого старшим адмиралом Гальцианом и вице-адмиралом Рамиресом под командованием императрицы. В первую очередь им противостоят Синие разбойники, группировка воздушных пиратов, которые стараются как можно больше беспокоить Армаду. Фина, молодая девушка из Серебряной цивилизации, отправляется на поиски Лунных кристаллов раньше валуанцев и доставляет их в безопасное место.

