Действие Metal Eye 2 разворачивается в той же научно-фантастической вселенной и сюжетно тесно связано с первой игрой. В будущем люди построят плавучий город Зерон, где лучшие ученые будут работать над созданием андроидов, искусственных людей, которые выглядят так же, как настоящие. Harness Technology - крупнейшая компания, создающая андроидов. Герой игры - ученый по имени Вирг, отец главного героя первой игры. Его работа заключается в обучении андроидов после того, как они были созданы. Однажды в дом его друга приходят солдаты и пытаются задержать их за разглашение секретной информации, и Виргу приходится бежать. Его спасает монахиня и привозит в маленький городок посреди пустоши, где и начинаются его приключения.
[Edited from Moby Games]
[Edited from Moby Games]