Так что было понятно нужно сделать небольшой рекап того что известно:

• Инь сливается с Идзанами. Это было в OVA. Идзанами - разрушительница, способная поглощать души других. Однако может и переносить их.
• Шион сливается с Идзанаги. Он в свою очередь творец и способен создавать в том числе и Людей.
• Когда они двое воссоединяться нечто ужасное и чужое родиться на свет что принесёт разрушение и смерть на Землю. Это причина по которой Инь просит её убить.

Но у Инь и Шиона есть свои желания. Поэтому эти 4 пришли к соглашению - Идзанами и Идзанаги воссоединяются. Но они исполнят желания своих владельцев - Инь и Шион.

Эту сделка и упоминает Шион перед тем как умереть.

Его желание - создать другую Землю. Её видно в конце 12 эпизода.
Это осуществляется с способностей Идзанаги и Идзанами, которые с помощью душ собранных Инь/Идзанами и суперкомпьютера собравшего воспоминания, создают другую Землю и создают на ней копии людей воспоминания которых были получены. Это причина по которой Хэй в конце говорит Суо что туда куда она пойдёт ей винтовка не понадобиться. И объясняет сцену с её завтраком и живим отцом.

Желание Инь, конечно, куда проще. Она хочет быть с Хэем. Это причина по которой его в отличии от других Идзанами не убивает - это как часть соглашения с Инь.

Причина почему вдруг засияла звезда Хэй проста - на самом деле его сила не была уничтожена. Она перешла в осколок метеорита Суо, которая тогда тоже попала в ту ловушку. Это видно по тому как в 3 серии молния направилась в кулон Суо. Поэтому вскоре после того как её кулон рассыпается к Хэю возвращаются силы.

Дальше идёт фраза "Ещё не поздно". Она относиться к соединению Идзанами и Идзанаги, в том смысле что ещё не поздно предотвратить худшее убив Инь, так как на тот момент они ещё не соединились.
Свечение которое видно в видении офицера это не обычный разряд направленный на то что бы убить, а близок к тому что мы видели в 1м сезоне в конце. Он просто отделяет Инь от Идзанами. После её душа вернулась в тело и Хэй уносит её без сознания в самом конце.
Дальше мы видим некого мальца, как две капли похожего на Инь который как и Идзанами вытягивает души. Это видимо и есть тот Разрушитель или Нечто от воссоединения Идзанами и Идзанаги и то чего все хотели избежать убив Инь. Учитывая что это нечто всё же появилось показывает что Хэй не все же не убил, после тех слов Инь хотя было ещё не поздно. А убивать её после этого смысла не имело.

Это чем-то похоже на финал 1го сезона где он выбирал между людьми и контракторами. Но тогда он выбрал нейтральную сторону. Здесь же он решил спасти Инь хоть и цена за это может быть очень большой.

Все эти штуки с Идзанами и Идзанаги взяты из японского фольклора об этих двух божествах и как понимаю повторяют их представляя всё чуть в другом виде.