Наконец настал момент когда я созрел для этого. Надо было подождать пару недель и вот появилось желание, а теперь разберём все самые интересные моменты, что ты написал:

В аниме поменяли некоторые арки местами и добавили дополнительные сцены, которые которые заполняют недосказанности в игре.
Дальше мы плавно переходим к следующей теме:

Они и в игре выглядит как косплееры. Ёко Таро взял стиль YoRHa из журнала японской моды и вся реклама была на открытой демонстрации жопы 2B, потому что людей не интересовал интересный сюжет в играх, что подтвердил провал NieR Replicant и успех NieR Automata.

В аниме тоже персонажи раскрываются через диалоги и через дополнительные интегрированные арки которых не было в игре, но опять же я соглашусь что мир в аниме не кажется таким же опустошённым как и в игре и атмосфера в игре лучше чем в аниме, но эту твою "пустую оболочку" в аниме раскрыли лучше чем в игре. Не каждый из тех кто играл NieR Automata знает о том кто такая 2B на самом деле.

Здесь я соглашусь, но отчасти. Атмосфера стала хуже но не слилась. В аниме действительно хуже чем в игре передаётся атмосфера.

В плане анимации я полностью солидарен, но в экранизации по игре часто бюджеты выделяемые студии крайне малы из-за чего мы и получаем такую рисовку. Опять же она не худшая представителей таких экранизаций. Есть кандидаты на прядок хуже, например: Алый Нексус.

А в игре на что-то да объяснили? Мотивация андроидов? Защищать человечество. Почему андроиды были созданы? Попытка поднять боевой дух андроидов в войне. Это объясняли как в игре так и в аниме. Что нам не объяснили и там и там - Непонятность и недосказанность - это почерк Ёко Таро. Он ставит тебя в неизвестность, оставляет тебя со своими мыслями - но так же и намекает если копнёшь глубже то можешь что-то да разузнаешь. Такое было во всех его играх и из-за этого сценарного почерка многие его ровняют с Кадзимой и называют гением.

Далее, возвращаемы к аниме:
Тыкни пальцем - в какой области он отдельный? Если в аниме ты насчитал пару оригинальных произведение такие как например:
Виви и Ликорис Рикоил ты найдёшь пару сотен а то и тысячу экранизаций. Аниме не может быть самостоятельным если подавляющее большинство проектов - это реклама манги. А то что ты знаешь пару десяток франшин которые были завершены найдётся пару сотен франшиз, которые до сих пор не получили продолжение.
Мало того что аниме в основном - это тупо экранизация чего-либо, дак сценаристы ещё массово плюют на все преимущество анимации и тупо копируют то что в манге и анимируют это. Самый яркий пример - Наруто, где 50% серии это растянутое слайд шоу.
Сейчас конечно качество анимации повысилось, но глобально это тронуло только популярные франшизы.
Такие как:
Атака титанов, Магическая битва, Клинок, рассекающий демонов и т.д.
в КРД кстати используются все преимущества анимации и в её экранизации переделывались боевые сцены чтобы полностью раскрыть преимущество анимации.
Так же есть:
Синий экзорцист пересказ магни и с другим концом, далее новые сезоны продолжают пересказ манги с первой половины аниме. Последний Серафим - пересказ манги. Йона на заре - пересказ манги, Бездомный бог - тоже пересказ манги, Мемуары Ванитаса - ну ты понял.
Во многих моментах это ещё и урезанный пересказ манги, где сценарист вырезает некоторые фрагменты. Сейчас комитет и студии пытаются впихнуть больше арок в стандартный формат 12+12. Раньше все напротив уходили в филлерность. Привет Блич и Наруто.

Но есть же ещё экранизация ранобэ - это же тупо книга. Да, тоже пересказ, только в ранобэ под нож могут пустить не просто пару сюжетных фрагментов, а целые арки. Привет Re:Zeroв котором шли на увеличение экранного времени на серию и на вырезание опенингов чтобы впихнуть хоть что-то, так же не забывает про:
Непутёвый ученик в школе магии, Реинкарнация безработного и т.д.

Чтобы экранизировать ранобэ надо больше нейронов в башке, да, поэтому если дать экранизировать ранобэ непонятно кому - получится выкидыш. Сила ранобэ это в первую очередь диалоги. Главное в аниме - это анимация и перенасыщенные эмоции. Успешных экранизаций ранобэ мало и ранобэ не так часто экранизируют как мангу, поэтому они мне не так часто попадались, но скажу что на хорошую экраницию Безработного всегда найдётся Мастера Меча Онлайн, Арифурэта и Маг-целитель: Новый старт.

Теперь пора начать подытожить ответ на итог
Приписывание пары минусов, которое я заметил в экранизации не сделает аниме шедевром, но они так же не на столько существенные для того, чтобы вешать на аниме ярлык посредственности. Аниме вышло нормальным, местами даже хорошим, но не отличным и не шедевром.