Это аниме под аниме критиков, поэтому оно корчит из себя претенциозное. Японцы не любят католиков, это прослеживается в 200500 аниме. Сложите 2 этих вещи, будет сабж.
И нет церковь не была институтом науки как ты думаешь. По 1 банальной причине, церковь в те времена она занимала положение ветви власти в ведении которой была часть обязанностей власти. Это вобще не тоже самое что развивать какие то вещи, потому что ты специалист по ним. А те кто этим вынужден заниматься потому что обязанности переданы, они естественно натягивали все это на свои интересы, а не на развитие. Религия довольно часто мешала медицине, например известный обычай запрета вскрытия тела, а это критически важно было для развития медицины.