В самом диалоге когда A2 раскрывает 9S настоящую личность 2B и что она уже много раз его устраняла, она прямо ему говорит: "Но ты ведь это уже и так знал, верно?" 9S прямо на этот вопрос не отвечает, поэтому нельзя на 100% сказать, что он это действительно знал, но вероятность этого очень высока.
Кроме того, есть серия новелл по игре A Short Story Long, где в том числе рассказывается о предыдущих казнях 9S. В ней раскрывается, что он изначально прекрасно понимал для чего на самом деле к нему приставляют боевого андроида, и даже часто догадывался о точном моменте получения приказа на его устранение, но позволял ей выполнить задание, даже когда у него были шансы спастись. Кстати говоря, если предположить что 9S к моменту с боем против A2 уже узнал и о событиях описанных в новелле, то и этот диалог перед боем с его вразумлением тоже несколько иначе воспринимается.
Вроде были и другие косвенные намеки в разных диалогах, но я проходил игру практически когда она только вышла, и понятное дело уже их не помню.