Странно и не понятно, почему Окабэ из линии Альфа, после отмены димейлов и прочих ошибок, вновь возвращается на машине времени на временную линию Альфа и выбивает там металлическую Уппу, когда прежний он из линии Бетта 1(серия), выбил её ещё до начала первой отправки димейла?

Такого не было. Окабэ ни разу не возвращался на мировую линию Альфа, чтобы забрать металлического Упу. В этой мировой линии это не надо делать. На машине времени он перемещался в 28 июля в мировой линии Бета. Не Альфа. Окабэ из будущего в линии Бета это делает, чтобы документы сгорели.

Иными словами, почему Окарин в самой первой серии выбивает металлическую Уппу, если на "бетта-линии" это должен был сделать он же, но уже после всех перемещений, ближе к концу истории?

Не должен был. Почти во всех известных мировых линиях Бета он из будущего не забирает металлического Упу из авомата.