В войне группа воинов, называемых Нинку, сражалась против Имперской армии и почти уничтожила её. Но в конце концов Нинку потерпели поражение и были разгромлены. После войны Имперская армия, используя пропаганду, утвердилась в качестве защитника народа. Им также удалось убедить людей в том, что Нинку — злодеи, развязавшие войну. Фусуке выглядит как ребёнок, но он — бывший капитан первого отряда Нинку. Его мать была похищена во время войны, и после поражения Нинку он отправляется на её поиски. В своём путешествии он встречает Айчо и Тодзи, также бывших капитанов Нинку, и вместе они сражаются против Имперской армии, которая пытается уничтожить последних оставшихся Нинку. Нинку — это клан вымерших ниндзя, владеющих эзотерическими и мощными техниками, поэтому множество других групп постоянно пытаются украсть их техники, чтобы захватить страну. Их главная цель — Фусуке, странно выглядящий мальчик, но один из самых могущественных ниндзя Нинку. Фусуке, вместе с другими ниндзя клана Нинку, обладающими различными специализациями, должен сразиться с угрозой, которая привела к падению клана Нинку.