после отказа Гендо подчиняться осуществлению Проекта путем не эволюции людей, а единения душ в смерти, Seele приказывает силам самообороны Японии зачистить всех в Геофронте чтобы добыть себе Еву-01 (клона Лилит) для проведения Комплементации, а командующий с Адамом в руке забирает Рей-Лилит чтобы слиться с ней и стать Богом для воскрешения души жены из Евы. Мисато, спасая Синдзи от солдат, жертвует собой, Рицуко хочет помешать Гендо, но гибнет, а Аску убивают прибывшие автономные серийные Евы, созданные Seele для Комплементации, Синдзи видит последнее и сходит с ума, а затем с ним в Еве-01 сливается гигантская Рей, ради него предавшая Гендо и слившаяся с Адамом и телом Лилит, Синдзи решает, что раз он никому не нужен, то человечеству стоит умереть и Рей растворяет тела всех людей мира, объединяя их души в одну сущность, позже Синдзи в разговоре с Рей решает, что это неправильно и Аянами освобождает все души, которые в первородном океане LCL при желании могут вернуть тела - все это запланировала мать Синдзи, которая в Еве-01 улетает с планеты как памятник существования человечества. Синдзи и возрожденная Аска остаются последними людьми на Земле