В Японии женщина "уходит" из своей семьи и становится частью семьи мужа, беря его фамилию (бывает и наоборот, когда мужчина присоединяется к семье жены, предполагаю таким был и отец Нацуме). Так что да, Токо-сан родственница Нацуме, так как Фудживары приходятся родственниками отцу Нацуме