Научная фантастика может не включать в себя космос. И так же, космоопера может не соответствовать научной достоверности. Что мы, кстати, и наблюдаем в сериале.
Мир, в котором на космическом корабле есть якорь, а подводная лодка передвигается по "подводному" (жидкому?) космосу с помощью гребного винта. Про мелочь, как суперпава оружие, способное делить на ноль планеты, я скромно промолчу. В конце сериала вообще магия.
Пускай тебя не вводит в заблуждение вполне продуманная компоновка кораблей и иерархия власти, как на спейсшипе, так и у инопланетян. Уж на это то каждый способен, достаточно воспользоваться опытом тысяч фантастов.

Надеюсь, не будет новостью, что само понятие как "космоопера" возникло в Америке в середине прошлого столетия, и описывало бульварное чтиво про бравых вояк, путешествующих по космосу на ракете и уничтожающих пачками из бластеров злобных инопланетян, такие дела.

upd: открыл Вики, удивился. Она подтверждает твои слова. Ну да ладно, пусть Ямато будет "научная фантастика". Хоть до твердой НФ попкультура еще не добралась, уже хорошо.
Ты убрал спойлеры, и интрига наоборот появилась.