@venganza, вроде, есть этому объяснение (кстати, даже в Зеро-аниме это говорилось прямым текстом. Да и в оригинальных Вратах тоже на это намекали): при прыжке во времени немного смещается «отклонение» альфы/беты линии (хоть и не очень значительно). Из-за чего некоторые события в будущем, относительно прыжка, могут немного измениться, и, да, на воспоминания «будущего» Окабе накладывается опыт более раннего Окабе. И, вполне вероятно, что в данном отклонении засчитывается более поздний «прыжок», либо прыжка вообще могло не произойти (но воспоминания о прыжках конкретно у нашего Окабе остаются, так как работает РШ).

@venganza, он может вернуться, но после того, как Сузуха отвалит в светлое вчера. Мировая линия подстраивается под мелкие парадоксы, так что был Амадей или нет - неважно.
Насколько я знаю, все варианты истории сводятся к мировым линиям, в любом случае. То есть параллельно могут существовать только мировые линии. Если бы параллельно существовали все возможные отклонения, не очень понятно, как Окабе попадал в какое-то конкретное.
Сознание отправилось и сделало полный круг, прожив жизнь до момента отправки. Вроде несложно.
Если я правильно помню, из-за несовершенства оборудования.
coub.com

Если в целом по вопросам, то это банальная лень и желание срубить денег на франшизе, не напрягаясь. Можно было переработать сюжет ВНки, можно было додумать что-то свое, но это риск и пот.