А хрен его знает. Если так абрастрактно прикинуть, то Лелуш забрал у Чарльза код при его смерти. По сеттингу активация кода идёт при смерти получателя. Видимо что-то пошло не так в процессе. Как я понял при его смерти душа покинула тело, а тело осталось живым из-за кода. CC потом ходила по вратам и пыталась вытащить его душу с того света. Были какие-то реплики про барьер из остатков души чарльза. Видимо они и преграждали возможность душе вернуться в тело. На самом деле в фильме всё слишком быстро и скомано,но какая-то логика есть.

Откат в прошлое с сохранением памяти. Её сила действует только на неё, т.е. как бы она прыгает во времени назад. Поэтому хоть у СС и LL есть код, но они всё равно всё забывают. Про первую встречу: он не снимал шлем, поэтому она не знала кто такой Зеро, здесь можно по разному интерпретировать смысл её слов. А может просто забыла эту мелочь, т.к. всё повторялось много раз.