Начну с того, что местами является очевидным, это нужно для дальнейшего развития мысли.
Тайтл пропитан символизмом и что бы понять многое о сюжетной ценности концовки и значении главного героя, нужно обратить внимание именно на символизм и философию.
Город - это окружающий мир и течение жизни.
Огоньки - счастье
Зима - смерть, перерождение (как в природе грубо говоря)
В тайтле поднимаются вопросы того, что такое человеческая жизнь и что значит быть человеком. Город, то есть жизнь подкидывают нам испытания, выдерживая которые мы становимся сильнее и как бы перерождаемся для новой жизни. Быть человеком значит пройти эти испытания в поисках своего счастья. В целом тайтл пробегается по японской философии "икигай" , но упор идет на семью подавая это как самую важную человеческую ценность. Вот это самое "счастье" наделяют сверхъестественными свойствами что бы подчеркнуть его важность и силу, как бы говоря о том, что это буквально чудо в человеческой жизни.
Часть души Нагисы перерождается в Усио, позволяя уже Томое "переродится", то есть вновь обрести свое счастье, как это было прежде с Нагисой, это тема бессмертия души и перерождения которую так любят японцы. В иллюзорном мире робот пытается из мусора и деталей собрать себе новых друзей и построить новый мир, но что он может в одиночку? К счастью девочка помогает ему обрести свое счастье и идти дальше, что является метафорой взаимоотношения Томои с Нагисой, а затем с Усио, а так же метафорой того, как он собирал огоньки.
Теперь к сути.
Вот гг сам будучи несчастным, ходит и помогает людям обрести себя и найти свое счастье, при этом находя свой собственный смысл жизни. Он осознает что настоящее счастье заключается в близких людях, но жизнь готовит ему серьезные удары. Эти удары в образном смысле убивают его, сначала в случае с матерью, затем с Нагисой и Усио, и он "перерождается" после каждого раза, таким образом подавая пример. Говорите на смерти Нагисы можно было и закончить, ведь главный герой прошел через многое, осознал многие вещи (как-раз таки во многом через рефлексию о которой вы упоминали) и в целом вырос над собой. И вы будете правы если смотреть на тайтл с точки зрения реализма, но тайтл и главных героев наделили сверхъестественным, что сделало сюжет интереснее и запутаннее, наделило его еще большим смыслом, а так же символически позволило передать многие вещи, при этом жизненный урок никуда не делся, просто аниме обрело сказочный окрас, что не есть плохо.
После смерти Усио гг теряет уже полностью все, серия даже называется "конец света". Происходит вся та фигня с мирами и огоньками, и прошедший весь этот путь гг возвращается к моменту знакомства с Нагисой. Он ставит под сомнение их общее счастье, ведь он может пройти мимо и никаких трагедий не будет, но он в полной мере осознает, что свое счастье невозможно без близких людей и что он не имеет права жертвовать чужим счастьем, даже если настал твой конец света. Он окликает Нагису вкладывая свою решимость и эта решимость служит толчком для использования всей той силы, которую он накопил, после чего переносится на момент родов которые проходят удачно, получая поистине прекрасную счастливую концовку. Осознания и откровений перед собой хватило и в прошлом мире, в новом насколько я понял он не имеет воспоминаний о событиях, но все выводы которые он сделал благодаря своему опыту подсознательно остались с ним и он продолжает жить уже с ними и с этим опытом. Произошедшие события не обесцениваются отсутствием прямых воспоминаний, ведь если человек начнет задавать себе вопросы в духе "откуда у меня взялось это мировоззрение и взгляд на вещи", далеко не каждый смоет ответить, но от этого их ценность никуда не девается. Автор просто не захотел делать из тайтла что-то в духе Врат Штейна, он вообще о другом.
Главный герой не сдался и продолжил идти к своему счастью. По одиночке мы слабы, но вместе со своими близкими многое сможем преодолеть (переформулировка цитаты девочки из иллюзорного мира). В жизни встречаются черные полосы и никогда нельзя опускать руки. Счастье близких людей может стать и твоим собственным счастьем, ведь это самая важная вещь жизни. Будь человеком, не бросай в беде и помогай другим людям, и возможно найдешь не просто свой смысл жизни, но и совершишь чудо. Это все посыл Кланнада, который подкрепляется осмысленным и эмоциональным хеппи-эндом, благодаря чему может изменить мировоззрение, что лично со мной и произошло, за что Кланнад и является моим любимым тайтлом.