Важной проблемой исследования остается анализ роли философии в биологическом познании. Опыт А.А. Любищева и СВ. Мейена в этом смысле весьма поучителен, ибо оба биолога сознательно пришли к необходимости философского осмысления того, что происходит в биологии. Проблемы эволюции и систематики организмов, возникновения новых форм, их приспособленности к определенным жизнеобеспечивающим функциям, дивергенции и конвергенции, целесообразности и причинности поставили ученых перед необходимостью найти философский подход к решению этих проблем, дать себе ясный отчет в том, что может служить научным объяснением тех или иных биологических феноменов, а что таковым не является. Основные методологические установки, разработанные А.А. Любищевым и переработанные СВ. Мейеном совместно с Ю.А. Шрейдером, звучат следующим образом.
1. Мир не хаос, а космос. Тем самым законы гармонии могут реально воплощаться в многообразии природных объектов и служить в науке объясняющим принципом.
2. Гармония природных объектов может выражаться в присущих им глубинных математических структурах. Это позволяет рассматривать математическое описание не только как моделирование поверхностных явлений, но и как поиск сущностей.
3. Существуют различные уровни реальности. Идея, что реальность носит фактически многоуровневый характер, помогает снять ненужные споры о реальности таксонов или теленомических факторов эволюции.
4. Принцип приоритета формы над функцией. Форма не определяется функцией, но возникает по собственным законам, будучи заранее приспособленной к выполнению различных функций (преадаптация). Закрепление за формой той или иной функции - процесс, отличный от возникновения самой формы.
5. Теоретик не работает под диктовку эмпирической действительности. Новая теория позволяет увидеть в природе существенно новое.
6. Принцип явности альтернатив. Теорию нельзя рассматривать как единственно мыслимую. Ее следует рассматривать в многообразии логических возможностей, которые нельзя априори отсекать от общенатурфилософских соображений.
7. Неявность гармонии. Законы гармонии, лежащие в основе явлений, могут быть не проявлены в эмпирическом материале из-за случайных факторов.
8. Теория призвана описывать мыслимое многообразие явлений, а не ограничиваться описанием наличной эмпирии.
9. Принцип естественной системы. В многообразии мыслимых объектов ученый должен искать «естественную систему», позволяющую судить о свойствах объекта по его месту в системе.
10. Принцип экспликации постулатов. Ученый обязан явно формулировать исходные предпосылки своей теории.
Этот принцип позволяет реализовать последующие. Сочетания упомянутых методологических установок в биологическом познании усиливает их эвристическое значение.