@Рыжее чудо, вы удивитесь, но после выхода сериала реакция была очень похожей на вашу. Потом, благодаря популярности сериала, (почти) все было объяснено, в том числе в русскоязычном секторе. В свое время я утомился, разбирая конкретные претензии критиков. Кроме собственно невнимательности зрителей, немалую роль там сыграл неточный перевод, в результате чего некоторые вещи были поданы совершенно искаженно.

Затем у меня возникла (дурацкая) идея написать подробное объяснение событий сериала. Я проштудировал материалы фанатского сообщества и обнаружил, что потребуется многотомное руководство. Сериал был создан как шарада, многие детали там были включены в самой неожиданной форме, например подсказки в виде фраз на старонемецком (перевод которых естественно отсутствовал). В результате я это дело забросил.)

Например. Оказывается Мадока училась в школе для гениальных детей. Задачи, которые приводились на доске, были излишне сложными даже для университетского курса по специальности математика. Это не маленькая глупенькая девочка нашла решение вселенской проблемы. Она просто была одним из величайших умов планеты. Кьюбей сделал большую ошибку, связавшись с Мадокой.