родился один ребёнок, а второй клон. Зачем его сделали? Чтобы отдать Токио, а настоящего вырастить и пересадить ему мозг той старухи, чтобы она жила "вечно".

это эксперименты организации, а их цель - достичь рая на земле. В одной из серий показано, как Кируко и Мару нашли один из филиалов этой организации и листовку,в которой писалось, что мир это "Ад терпений", а эта организация сделает из него рай.

берём в расчет то, что эта организация изолирована от остального мира и, соответственно, скрывает себя от других глаз. Можно понять, что у них куча денег и они вербуют лучшие умы, которые и могут создать такого мощного ИИ и пересаживать мозги. Да они даже генной инженерией занимаются, дети тому подтверждение. Та болезнь, возможно, какая-то побочка, а Тарао был нулевым пациентом и скоропостижно скончался.
Насчет пушки, она тоже является разработкой этой организации. И я думаю, что Микура, та что отправила Кируко и Мару в эту экспедицию, прямо связана с организацей, может даже она одна из "райских" детей. В "раю" нам показали пушку только в одном экземпляре и,скорее всего, это одна и та же пушка во всем аниме