@GMavrin, против твоего мнения стоит логика и весь мир, который заявляет, что Мадока - это главный персонаж произведения. Без Мадоки, Хомура бы не стала девочкой-волшебницей. Только её смерть, значима для Акеми. И вокруг Мадоки строится весь сюжет сериала. Не вокруг Акеми, а вокруг Мадоки. Акеми лишь катализатор событий в конкретной временной линии, но Мадока породила само желание Акеми стать этим катализатором. Без Мадоки нет сюжета девочек волшебниц.

У Мадоки есть конфликт и рост. И он личностный, не связанный с Кьюбеем. Она считает себя бесполезной и пытается всячески доказать себе обратное. А финал, как раз таки показывает, что Мадока нашла своё призвание. И теперь не считает себя никчёмной. Впервые за весь сериал, она почувствовала, что в силах помочь нуждающемуся.

Ложный же протагонист, на которого ты так напираешь, становится ложным, только если умирает или изменяет своим убеждениям, в ходе чего повествование переходит на другого персонажа. Но до самого конца мы видим всё от лица Мадоки. (Отдельные моменты, не в счёт, учитывая, что предыстории всегда идут от другого лица.) Не бывает такого, чтобы ложный протагонист становился таковым, только потому что арка другого протагониста интереснее его самого. (А ещё, главному герою не обязательно иметь антагониста, чтобы быть главным.)

Кьюбей - это не типичный антагонист. Как ты правильно ранее заметил, он Дьявол. Кьюбей не зло, ибо именно его участие позволило человечеству развиться до такого уровня. Он плотно интегрирован в историю Земли и является лишь движущей силой, которой чужда мораль. С Кьюбеем боряться только потому что он неудобен Акеми.