Происхождение и этимология термина «моэ» неизвестны. Анимешник Джон Опплигер нашел несколько популярных теорий происхождения термина от имен героинь (Хотару Томоэ, Сейлор Мун, или Моэ Сагисава). Другие полагают, что термин «моэ» произошел от японского слова «гореть» (moon. 燃える moeru), используемого фигурально как «гореть от страсти» (то есть безумно влюбиться). 萌え — герундий от 萌える, что означает — расти, прорастать, давать всходы. Слово возникло всего несколько лет назад и было признано в Японии лучшим новым словом года (там есть такой ежегодный конкурс). Cамо слово 萌え можно читать как росток. Очевидно нежный и беззащитный, который нуждается в защите. Фактически, героини, обладающие свойством моэ, вызывают бурю тёплых чувств путём провоцирования на заботу (женский вариант троллинга). Некоторые считают, что термин «моэ» стал популярным после выхода в конце 70-х на экраны Замка Калиостро Хаяо Миядзаки и появления в нем главной героини Клариссы. Движение росло и приняло современный размер благодаря фансервис-шоу на аниме-рынке. Такие шоу часто называли «моэ». Есть версия, что термин «моэ» произошел от японской интерпретации мычания коров — «моэ-э». Вкупе с неуклюжестью и огромным бюстом персонажей-моэ эта версия выглядит вполне правдоподобно.