Про неисторичность - в аниме прямым текстом заявлено, что все преследования гелиоцентризма были отдельной шизой епископа, который не смог в астрономию, при этом все письменные свидетельства были уничтожены. Ляпы есть и много, но если не задумываться, иммерсии не мешает. Но короче, там же сюжетно большой акцент на письме и прочих источниках. Показалось, что весь сюжет не про преследования учёных и даже не про передачу эстафетной палочки, а про сплит между официальной линейной историей и тем, что в ней утрачено по причине подчинённости знания. Поэтому то, что рандомный крестьянин загоняет за критерий Поппера, выведя его самостоятельно из событий в жизни - скорее фича, чем баг.
Про блондинчика - доппельгангера совать как будто реально не к месту, там же какой-никакой эмоциональный рост у Рафаля был, а линия гелиоцентризма-терроризма (лол) уже была у Иоленты и Ко. Думаю, смена титров на Польшу это не параллельная вселенная, а переход в задокументированную историю всё ещё через призму художественных допущений анимы, предполагая, что предыдущие события всё ещё были реальны, но недоказуемы. При этом Рафаль-учитель появляется в воспоминаниях Альберта, который может и не помнит, как он выглядел.
Как-то так.