Он из аппарата по восстановлению памяти вылез. Тут все сходится, он был не замороженный, значит тоже подозреваемый.
Как вариант корабль размораживать не умеет, разморозка только в стационарных планетных условиях.
При прыжке вся электрика вырубается? В том числе и мозги человеков. Корабль летит как кирпич, пока импульс не кончится?
Будем считать, что ИИ определил сколько их изначально заскочило на корабль, а потом при экстренном старте с планеты у него счетный детектор вышибло.