На мой взгляд это просто перевод. В английском, например, все обращаются на you, но на русский это переводят и как ты и как Вы. Потому что иногда это формальное или уважительное обращение, а иногда нет, и в русском это разные слова, хотя в английском одно. Не делать тут разделение было бы недостоверной передачей оригинала.
Мне кажется, таким же образом в японском используются разные суффиксы

Не знаю. В манге много популярных тайтлов которые не про Японию. Ван Пис одна из самых популярных манг уже наверно больше десятилетия; там последняя арка на острове сделанном под Японию, но кроме этого это выдуманный мир, где только отдельные японские фишки, как и других культур.
Вообще на мой взгляд далеко не каждая хорошая вещь пользуется популярностью, независимо от сеттинга.