Там между Аоем и Майором в операционной комнате происходит некая сделка. Он её высвобождает - а она взамен, пользуясь полученной памятью, должна похитить Серано из-под усиленной охраны и заманить на исповедь в кафе? Но почему Аой (почти всемогущий персонаж!) сам не мог так сделать и почему боялся "быть убитым в последней схватке"? Или Кусанаги по собственной инициативе сыграла "тень отца Гамлета"?

6.1 Падзу в последней серии говорит, что сам не знал деталей спасательной операции и от Тогусы их скрыли, чтобы облегчить подготовку. Потом к диалогу подключается Исикава и говорит о прошедших событиях уже с усмешкой, как будто на пикник сходил. Но В 25-й серии они явно не хотят быть схваченными. Мотоко и Исикава были посвящены в "план", а другие члены - нет? Бома добавляет, что шеф не видел другого варианта перед выборами и понадеялся, что его ценные оперативники сами как-то выживут. С устной санкции премьер-министра.
В той же сцене происходит странный диалог Тогусы с Бато:
— Но ведь все улики против Якусимы.
— Он собрал 9-й отдел - это ты хотел сказать?

Зрителю даются всего две сценки: как шеф торгуется в машине с министром юстиции и как он собирает вещи из кабинета после совместного расследования. Это и был план спасения? Премьер-министр не сделал ничего ради людей Арамаки - только разрешил открыть дело против Якусимы, когда пришёл срок. Странно, как он воообще сохранил кресло.

6.2 Товарищи Тогусы вернутся к работе под другими личностями? (в базе данных они значатся отбывающими тюремные сроки). Как конкретно им помог министр юстиции после того как все оказались по одному схвачены? Я думаю, всех спас бармен, который в 24-й серии взял микрочип из сигареты Падзу и слил информацию журналистам, как того хотела Майор. С другой стороны, Арамаки передавал в машине министру папочку с точно таким же содержанием.

6.3 Зачем убивать насмерть членов отряда Умибодзу? Они потом обижаются за смерть товарищей и просто вынуждены мстить по законам горцев. Большинство наших героев всего лишь арестованы/избиты, но убивают одну Мотоко. Потому что она настолько опасна при сопротивлении или потому, что её мозг содержит особый компромат (память о разговоре с Серано)? Немного не уловил, кто дал разрешение на её убийство, какой-то комитет...
В одни моменты кажется, что их цель - полная физическая ликвидация всех сотрудников отдела. В другие - что зачистка улик против генерального секретаря. Например, их командир заявляет Исикаве, что тот будет умирать медленно, т.к. только что устроил взрыв в кафе имени себя. А может и наоборот - взрыв должен был уничтожить какие-то следы, а ребята случайно забежали в неправильное время.
В Бому стреляют за кадром в 24-й серии а потом он сидит среди коллег как ни в чем не бывало.

6.4 Не показано, что случилось дальше с тем военачальником, похожем в берете и очках на Хусейна. Ничего не случилось? Т.е., как выполняли теневые операции, так и продолжат выполнять? Сообщается, что генеральный секретарь Якусима был военным перед тем, как стать политиком и уже тогда использовал киллеров, чтобы уйти от ответственности. Но Умибодзу генсеку не подчинено. Тогда кому подчинено - правительству вообще? Пикантно получается. Безымянный премьер-министр с добрым лицом, он же глава всего правительства, просит Арамаки не переживать, а сам натравливает на его отдел военизированное подразделение, которого официально не существует. Интересно, кому в новостях приписали заслугу обезвреживания Отдела 9 - самому премьеру (а ему, между прочим, были подотчетны эти "террористы-заговорщики" во главе с Майором) или военным, которых нет?

6.5 Генсек* Якусима не сядет? Все нити ведут к нему, выше никого нет, только Минздрав с их взятками. Итак, он сотрудничает со следствием, а в конце успевает отправить киллера к машине Серано (киллер тот же самый, что в 6-й серии).

*должно быть более правильное название его должности - что-нибудь вроде "секретарь кабинета министров". У Японцев вряд ли же были свои Маленков-Берия-Каганович ))