1) Мне тоже непонятны мотивы террористки. Но учитывая, что она ещё более поехавшая (в её случае - на теме ненависти ко всему, связанному с богами и религией), чем многие участники, она и не обязана действовать логично. Во всяком случае, Минэнэ довольно последовательна и не раз ещё поможет героям.
2) Он самонадеянный и часто не думает о последствиях. Кроме того, большую часть сериала действует не вполне по своей воле а именно, он орудие Дэуса, призванное сделать игру интереснее.
3) Как его вычислила террористка, показано. Ну а потом он бежал к дневнику через двор школы на глазах у множества людей, тут уж на сохранение анонимности особо рассчитывать не приходится. Далее он повторно деанонимизировался в храме (кстати, там присутствовал ещё один неназванный участник Седьмая). Отсюда их с Юно мог узнать ребенок. Дочь собаковода вычислила Юки случайно, охотясь на Акисэ. По участникам 7, 8, 11 тоже есть объяснения (шпионаж в храме и слежка через дневники).

Через Минене авторы хотели выразить такую не простую вещь, как материнский инстинкт. В течение всего сериала она плавно прогрессирует в этом направлении. И первым толчком становится именно встреча с Юкитеро. В его персонаже она видит маленькую себя, беззащитную, испуганную, но вынужденную бороться за свою жизнь. Флешбеки и отсылки показаны не раз. Именно поэтому она ему помогает и поддерживает, она просто не может иначе. На вопрос МуруМуру “Зачем ты помогаешь первому?” она так и отвечает “Глупый вопрос, ты же не спрашиваешь почему птицы летают?”. А дальше встреча с Нишиджимой и его беззаветной любовью, окончательно пробудившими в ней женщину. Сцена с беременной белочкой столь символична в данном контексте...
Сцена, в которой она вколола антидот Юки, при первом просмотре мне виделась ровно в таком же свете. Но ее дальнейшая проработка дала мне все ответы.
В конечном счете авторы вполне могли дать Юно вколоть антидот, ее персонажу это никоим образом не противоречит, да и на дальнейший сюжет не повлияло бы. А значит авторы целенаправленно ввели здесь Минене, и ее эмоции в этой сцене хорошо выражают сомнения в том, что она делает. Но материнский инстинкт - такая штука, через которую не возможно переступить, мотивируясь лишь одним желанием.
Тема отношения родителей и детей красной линией прошла через этого персонажа, подчеркивая основную идею сериала.

"Он точно умный?" - нет, не точно. И, как правильно сказал оратор выше, он марионтека в руках Дэуса. К сожалению (для вас) вы не сумели дождаться раскрытия персонажа в самом сериале и узнаёте об этом из спойлеров

Его изначально вычислила Минене, что показано детально. А дальше пошла цепная реакция - гоняющийся за Минене Курусу также узнает о Юки и Юно, о чем сектанты докладывают 6ой и т.д.. Т.е. они знают 1го не просто так. Но вот и Юно знает всех участников, но не может палиться, поскольку она - Юно из другой игры, пришедшая в этот мир и убившая себя. И этот факт отражается во многих моментах ее поведения. Опять же терпения вам не хватило, наслаждайтесь спойлерами.

О каких последствиях речь? Посадить в тюрьму тех, от кого зависит судьба человечества? Это с одной стороны. С другой - владельцу дневника обыграть не имеющего оной проще простого. Но в определенные моменты героям действительно пришлось убегать и прятаться