Тема любви Нео и Тринити как раз и нужна была, чтобы показать человечность, то есть уязвимость и манипулируемость Нео.
А ещё для романтической линии. Она тоже нужна)
Чтобы продемонстрировать выбор без выбора, то, что Нео абсолютно прозрачен для Архитектора.

Если откинуть все сложные перипетии между героями, весь этот эпик трилогии был в рамках заложенного алгоритма самосовершенствования Матрицы. Я бы сказал, что трилогия "Матрица", это фильм с открытым кодом. Там есть сюжетные дыры и тебе не раскрывается суть лора в лоб. Но, собирая отдельные объяснения, ты можешь соединить их так или иначе и получить уникальный смысл. Мне кажется, что главный прикол в том, что получившийся истинный смысл трилогии не был задуман изначально, а получился сам собой. Я его вижу так:
1. Архитектор это основной (официальный) администратор Матрицы.
2. Оракул (Пифия) это бэкдор администратор системы.
3. Избранный это скрытый временный администратор. Это тот, кому машина даёт права администратора, встраивая в его мозг чип с кодом администратора. Но пока он остается человеком, его возможности по большей части заблокированы. Открыть их в себе изначально и помогает Оракул (Пифия).
4. Пифия и избранный это основа механизма перезапуска Матрицы, необходимого для её самосовершенствования.
5. Агент Смит это "антивирус", которого Нео случайно перекодировал в вирус (если совсем просто)