Это метафора в целом на иллюзорность того, что нас окружает, и что люди предпочитают эти химеры реальности (красная и синия таблетки, Сайфер, жрущий в ресторане со Смитом). Эту же идею можно рассматривать в контексте культа потребления, например, или корпоративного онанизма.

По-моему очевидно, что 2 и 3 фильмы, а следовательно и сценарий к ним, появились сугубо благодаря коммерческому успеху самодостаточного первого, работавшего по очень удобной формуле истории без начала и конца, где мир рисуется весьма приблизительными очертаниями, как и положено короткой художественной форме, обычной для жанра.
Продолжения являются одним большим фильмом, попиленным пополам -- об общем техпроцессе нам сообщают даты выхода. Высокобюджетным, коммерческим боевичком, где всё пространство идей жанра, абстрактно намеченное и так построенным на заимствованиях оригиналом, подменено очередным лгбт манифестом братишек. Как говорил мой дед ...ой, то есть старик Осии: "Ненужон он им, киберпунк энтот ваш".
Подтверждение вышесказанного можно понаблюдать в созданных по сценариям Вачовски эпизодах Аниматрицы с кринжовейшей предысторией созданного их культями мира. Нечего там анализировать на многобуков, брат.