Как-то очень сумбурно.

1a) Про человечность в целом - тебя так задела сцена с "Я и заметить не успел, когда ты стала такой человечной" от Франкса в 21 серии? А стоит ли ей придавать большое значение? Зеро Цу как бы говорит "в такой жизни есть смысл", Франкс как бы говорит: "раньше ты так не думала". Конец сцены.

1b) "Проблема в акценте на худшие качества людей" - вот это не понял. Чую, тут что-то о "Люди - морально-этический идеал" && "Люди - самые большие чудовища" && "Лицемерие на темы «коллектив и Хиро», «коллектив и Зеро Цу»" как писал @Shir0, но я последней проблемы не вижу.

1c) Насчет тезиса "персонаж стал плоским после разрешения его конфликта". И какой же должна быть правильная, дикая, некартонная Зеро Цу во второй арке? Остаться "монстром" / умереть под очередным огромным рёвозавром / наконец-то убить Хиро? Это всё никуда не годится, для старой Зеро Цу в сюжете тупик. Её изменение объяснялось одним - она узнала, что Хиро и есть тот Даалин. Я здесь не вижу явной фальши и могу поверить, что она именно изменилась, а не "деградировала до обычной девочки со стороны Ичиго"@SilentNight.

2) Так, Зеро Цу не сожалеет, что убивала рёвозавров, но должна, так как сама на половину рёвозавр. Эм, почему должна, если все убитые рёвозавры уже не были разумными?

3) Опять не понимаю. Ты о том, что маловато смертей среди основных героев? Есть такое. Замораживание выбывших паразитов по инициативе Франкса - тот еще сюжетный костыль, но это 22 серия, когда всё пошло под откос и серьёзно воспринимать это не получается.

Если же говорить о Хиро с Зеро Цу... Вместо "Хороший плохой конец" + "Колесо Сансары" интересно было бы видеть "Несчастливый конец" + "В общем, все умерли" около 20 эпизода. Хм, я не вижу годной более-менее счастливой концовки (ты что-то писал о совместной жизни с рёвозаврами, мне такое в голову не приходит...). Единственный интересный выход - убиваем Хиро и/или Зеро Цу, только, господи, никаких космических битв, никакого спасения человечества и никакого перерождения душ. Развиваем антиутопию, не зря же она вообще есть в наличии. Пусть Папа обещает освобождение после финальной битвы не потому что поработит землю (никаких инопланетян в этом сюжете!), а потому что 13-й отряд гарантированно не переживёт эту битву. Или частично переживёт, но всё равно останется в полной власти Папы (всегда же так было, хоть дети и зазнались к 20 серии). Нужно хоть что-то положительное в конце? Можно оставить намёк на то, что однажды когда-нибудь очередной учёный сыграет роль доктора Франкса, проведёт аналогичный эксперимент и таки сможет его закончить. Почему в тёмном дворецком , а здесь нет?

Можно было бы добавить убедительности, перенеся действие на другую планету, это бы развязало руки при объяснении местного лора и позволило придумать что-то получше о рёвозаврах. Одно дело "земная магма от всех болезней", другое дело "спайс Арракиса". В него гораздо легче поверить, ведь целительная магма заведомо глупо выглядит.

4) Тут нечего добавить, ибо "всё пошло под откос и серьёзно воспринимать это не получается".

5) А здесь-то что не так, кроме удивительного управления с рычагами в удивительном месте (даже не вижу смысла к нему придираться)?

---

1) Разве? Куда ни глянь - меха это подростки со своими проблемами в волшебных ОБЧР. Если и есть меха-аниме без страдающих подростков и с в меру реалистичными ОБЧР, то они точно в красной книге. Я бы посмотрел что-то максимально близкое к Front Mission.
2) Меха здесь гораздо меньше, чем в еве или эврике. А вот антиутопия получилась игрушечной, это плохо.

---

Эврику ты еще не смотрел, но пусть спойлеры здесь полежат. Можно провести много параллелей.